У 2007 році на зміну ТАСІС прийшов Інструмент співробітництва у сфері ядерної безпеки (ІСЯБ). Фаза 1 ІСЯБ тривала з січня 2007 до кінця грудня 2013 року і зосереджувалася на таких напрямках:

• підвищення рівня ядерної безпеки, зокрема, у сфері нормативно-правової бази та управління безпекою ядерних установок (проєктування, експлуатація, техобслуговування і ремонт, зняття з експлуатації);
• безпечне транспортування, обробка та захоронення радіоактивних відходів;
• реабілітація колишніх ядерних об’єктів і захист від іонізуючого випромінювання від радіоактивних матеріалів;
• Eаварійна готовність та аварійне реагування (запобігання аваріям та реагування у разі аварії);
• сприяння міжнародному співробітництву у сфері ядерної безпеки.

Цілі Фази 2 ІСЯБ (2014-2020 р.р.) були визначені таким чином:

• сприяння ефективній культурі ядерної безпеки і впровадження найвищих стандартів ядерної безпеки та радіаційного захисту, постійне підвищення рівня ядерної безпеки;
• відповідальне й безпечне поводження з відпрацьованим ядерним паливом і радіоактивними відходами, реабілітація колишніх ядерних об’єктів та установок;
• створення бази та методології для застосування ефективних і дієвих механізмів безпеки ядерних матеріалів у третіх країнах.

Підтримка України з боку Європейської Комісії в рамках ІСЯБ зосереджувалась на виконанні проєктів з «м’якими» результатами (тобто зменшилась кількість проєктів, що передбачали постачання обладнання). Наприклад, у секторі Підтримка Оператора співробітництво було пов’язано з виконанням проєктів на підтримку підвищення культури безпеки, аварійну готовність, впровадження передового міжнародного досвіду технічного обслуговування та ремонту АЕС, а також сучасних підходів до безпечного управління та експлуатації АЕС.

Одним з ключових проєктів, що став наріжним каменем для підвищення культури безпеки, був спільний проєкт ЄС та України зі створення Національного центру підготовки ремонтного та керівного персоналу для НАЕК «Енергоатом». Цей проєкт розпочався в 2009 р., фінансовані ЄС елементи були завершені в 2012 р., а на повну потужність центр підготовки, збудований НАЕК «Енергоатом», запрацював у 2018 р. В його розпорядженні є єдиний у світі повномасштабний тренажер ядерного реактора ВВЕР-1000.

Зважаючи на позитивні результати спільної перевірки ядерної безпеки, проведеної ЄК, МАГАТЕ та Україною, оприлюднені в 2010 р., а також з огляду на значно зрослу фінансову стабільність української атомної експлуатуючої організації (Оператора), пряма підтримка Оператора через програму ІСЯБ після 2012 р. завершилася. Проте НАЕК «Енергоатом» продовжує отримувати користь завдяки своєму стратегічному партнерству з ЄС у формі кредиту Євратом/ЄБРР в розмірі 600 млн євро, спрямованому на виконання Комплексної (зведеної) програми підвищення рівня безпеки компанії.

Спільно з Міністерством захисту довкілля і природних ресурсів України та Державним агентством України з управління зоною відчуження НАЕК «Енергоатом» продовжує долучатися до програми ЄС з ядерної безпеки як член Робочої групи з визначення фінансованої ЄС  програми співробітництва у сфері ядерної безпеки.

ІСЯБ сприяє впровадженню високих стандартів ядерної безпеки серед регулюючих органів у країнах за межами ЄС, високих стандартів радіаційного захисту та застосуванню ефективних і дієвих заходів безпеки ядерних матеріалів. Головні зусилля спрямовані на підтримку в формуванні й подальшому розширенні можливостей ядерної та радіаційної безпеки, допомогу відповідним країнам у виконанні їхніх енергетичних стратегій відповідно до передового світового досвіду безпеки.

Особлива увага приділяється гарантіям, оскільки розповсюдження неконтрольованих ядерних матеріалів, якщо вони потраплять до рук терористів, становить серйозну небезпеку. Крім того, в Україні на підтримку заходів з ліквідації наслідків Чорнобильської аварії 1986 р., було реалізовано низку ініціатив, спрямованих на покращення здоров’я населення та екологічної ситуації  в Чорнобильській зоні відчуження та навколо неї.

Хоча ЄС усвідомлює, що рішення про використання ядерної енергії є суверенним рішенням, в найкращих інтересах ЄС, щоб ядерні установки експлуатувалися безпечно і щоб ядерні матеріали були під належним обліком і контролем. ЄС розглядає створення міцної й непохитної ядерної структури як глобальне першочергове завдання. Ця мета повинна бути досягнута завдяки ефективному співробітництву, спрямованому на запобігання аваріям і досягнення відповідності найвищим стандартам безпеки. Досягненням цих цілей програма ІСЯБ безпосередньо відповідає на необхідність дій з боку ЄС у сфері ядерної безпеки.